Με Προεδρικά Διατάγματα θα επιτρέπεται εφεξής να καταρτίζονται οι Οργανισμοί των υπουργείων, των αυτοτελών δημοσίων υπηρεσιών, των αποκεντρωμένων διοικήσεων αλλά και των ΝΠΔΔ, σύμφωνα με τροπολογία που κατατέθηκε στο νομοσχέδιο για την αντιμετώπιση της αυθαίρετης δόμησης.
Επίσης, με Προεδρικό Διάταγμα θα είναι δυνατή και η αντικατάσταση ή η τροποποίηση των Οργανισμών αλλά και η κατάρτιση ενιαίων Οργανισμών για κατηγορίες νομικών προσώπων δημοσίου δικαίου. Προβλέπεται, επίσης, ότι είναι δυνατόν με τα ίδια Προεδρικά Διατάγματα να αντικαθίσταται, να καταργείται ή να τροποποιείται κάθε ισχύουσα διάταξη νόμου ή κανονιστικής πράξης, σχετική με την οργάνωση και λειτουργία των προαναφερόμενων φορέων.
Όλα τα προαναφερόμενα Προεδρικά Διατάγματα θα εκδίδονται με πρόταση των υπουργών Διοικητικής Μεταρρύθμισης και Ηλεκτρονικής Διακυβέρνησης και Οικονομικών, καθώς και του εκάστοτε αρμόδιου υπουργού.
Η κατάρτιση των Οργανισμών θα βασίζεται σε εκθέσεις αξιολόγησης των οργανικών μονάδων τους που συνοδεύονται από περιγράμματα αποστολής και θέσεων καθώς και από σχέδια στελέχωσης, τα οποία έχουν εγκριθεί από το Κυβερνητικό Συμβούλιο Μεταρρύθμισης. Ανάμεσα στα όσα θα προβλέπουν οι Οργανισμοί, μπορεί να είναι και η σύσταση νέων θέσεων προσωπικού, καθώς και η κατάργηση, κατά κατηγορία και κλάδο, υφιστάμενων πλεονάζοντων θέσεων ή ακόμα και η μεταφορά θέσεων προσωπικού σε άλλους κλάδους.
Με την εν λόγω τροπολογία[PDF], τα Προεδρικά Διατάγματα καθιερώνονται ως πάγια πρακτική για την οργάνωση και λειτουργία του στενού δημόσιου τομέα και των ΝΠΔΔ, χωρίς να απαιτείται προηγούμενη έγκριση της Βουλής. Σύμφωνα με την αιτιολογική έκθεση, στόχος της τροπολογίας είναι η ορθολογική και αποτελεσματική αναδιοργάνωση των δημοσίων πολιτικών υπηρεσιών ώστε να παρέχουν τις καλύτερες δυνατές υπηρεσίες στους πολίτες. Όπως αναφέρεται χαρακτηριστικά, «η επιλογή του νομικού εργαλείου του προεδρικού διατάγματος για τη θέση σε ισχύ των νέων οργανισμών υπαγορεύεται από την ανάγκη της ευελιξίας και της ύπαρξης διακριτικής ευχέρειας της διοίκησης, ως προς την οργάνωσή της αλλά και από την εγγύηση προηγούμενου ελέγχου των Προεδρικών Διαταγμάτων από το Συμβούλιο της Επικρατείας».